增值税

如果公司组织员工个人旅游，则属于个人消费，如果公司组织全体员工参加，则属于集体福利。根据财税[2016]36号文件第27条规定，进项税额不能抵扣，当然增值税也不需要缴纳。

个人所得税

根据个人所得税法实施条例第八条规定，工资薪金所得，是指个人因受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动红利、津贴、补贴以及其他与受雇或者受雇有关的收入。第十条规定，个人所得的形式包括现金、实物、有价证券和其他形式的经济利益。员工的免费旅游收入可以理解为“其他形式的经济利益”。因此，单位应按规定按照“工资薪金所得”扣缴个人所得税。

此外，根据《财政部、国家税务总局关于企业为营销人员提供奖励免费旅游有关个人所得税政策的通知》（财税[2004]11号），按照我国现行个人所得税法律法规的有关规定，在商品营销活动中，企业、单位为营销业绩突出的人员举办培训班、研讨会、工作视察等形式的旅游活动，以免除旅费、旅游费用等方式奖励个人营销业绩（包括实物、有价证券等），应将所发生的费用全额计入营销人员应税收入，依法征收个人所得税，并由提供上述费用的企业、单位代扣代缴。因此，企业员工享受的此类奖励，应与当期工资薪金合并计算，按照“工资薪金收入”项目征收个人所得税。

公司所得税

公司组织员工旅游有两种情况：一是组织全体员工旅游，二是奖励部分员工旅游，如奖励管理层或者营销业绩突出的员工旅游。

但2012年9月24日，国家税务总局办税服务司回应税务咨询热点话题称，企业发生的差旅费不能列为税前职工福利费用。

但部分地方税务机关对此做了更细致的分类，如江苏南通税务机关在回答“企业组织员工旅游费用能否在企业所得税前扣除”问题时表示……如果你单位组织的员工旅游费用不符合生产经营常规，则不得在企业所得税前扣除。如果你单位为全体员工组织旅游所支付的费用，可以作为员工福利费用。如果你单位为营销业绩突出的人员和其他人员组织旅游所支付的费用，可以作为销售费用。你单位应根据本单位组织的旅游性质，分别以上具体情况办理纳税。

由此可见，企业为全体员工、营销业绩突出的人员等人员组织的旅游支出，可以按照税法的规定（限额）在税前扣除，但员工家属等与企业收入无关的人员的集体旅游费用，不能在税前扣除。

鉴于不同地区税务机关对“企业组织员工旅游”问题的处理方式有所不同，建议企业在遇到此类问题时，应及时向税务机关告知企业组织员工旅游的具体方案。